По конституции 2001 года президент страны избирается раз в 4 года, кандидатов представляет один из трёх островов, по очереди. В 2002 году президентом был выбран Азали Ассумани с Нгазиджи, в 2006 — Ахмед Абдалла Самби с Анжуана. Действующий президент Икилилу Дуанин был представлен островом Мохели.

Парламент (ассамблея) — 33 депутата, из них 18 избираются всеобщим голосованием, 15 — ассамблеями трёх островов, на 5-летний срок.