Поправка к конституции 2003 года отменила ограничение на количество президентских сроков. Президент назначает и увольняет премьер-министра, кабинет министров и судей независимого Верховного Суда. Президент имеет право распустить Национальную Ассамблею, задержать вступление в силу законов и назначать референдумы.

Законодательная власть принадлежит двухпалатному парламенту, состоящему из Национальной Ассамблеи и Сената. 120 депутатов Национальной Ассамблеи избираются всеобщим голосованием сроком на 5 лет. Сенат состоит из 102 членов, избираемых муниципальными советами и региональными ассамблеями сроком на 6 лет. Сенат был создан в 1990—1991 годах после внесения изменений в конституцию, функционировать начал после выборов 1997 года. Президент Сената замещает президента в случае невозможности для последнего выполнять свои обязанности.

В 1990 году политическая система Габона претерпела существенные изменения. Проект поправок к конституции, созданный в 1990 году по результатам национальной политической конференции, прошедшей в марте - апреле, привел к появлению билля о правах и созданию Национального Демократического Совета, призванного наблюдать за соблюдением гражданских прав и независимостью судебной системы. Новая конституция 1991 года позволила провести многопартийные выборы в законодательные органы, хотя оппозиционные партии формально не были легализованы. Впервые в Национальную ассамблею попали оппозиционные депутаты.

В октябре 2009 года вновь избранный президент Али Бонго Ондимба начал реформы, направленные на упрощение управления страной. Он ликвидировал 17 министерских постов, упразднил должность вице-президента, реорганизовал оставшиеся министерства и административные органы. Реформы имели целью снизить уровень коррупции и сократить раздутый государственный аппарат.