Основные озера расположены в тектонических депрессиях системы Восточноафриканской зоны разломов. Озеро Рудольф, называемое местными жителями Басса-Норок (темная вода), занимает узкую тектоническую впадину шириной около 50 км и длиной около 250 км. 

Его площадь 6,4 тыс. кв. км. Уровень воды озера снижается, соленость увеличивается. Далее на юг цепочка озер тянется по грабену Грегори. Самые крупные из них Баринго и Наиваша - пресные, остальные минерализованные. 

Пресноводное оз. Виктория оказывает значительное влияние на климат Западной Кении и играет существенную роль в ее экономике. 

На вулканических породах хорошо увлажненных Центральных нагорий сформировались плодородные бурые почвы. Вдоль побережья оз. Виктория распространены луговые красно-бурые, Индийского океана черные и серые почвы достаточно плодородные, но подверженные эрозии. 

На среднсвысотных плато и равнинах аридных районов Северной, Северо-Восточной и Южной Кении преобладают коричнево-красные и красно-бурые ферраллитные и альферритные почвы каменистые, обычно засоленные, малоплодородные. Обширные пространства к востоку от оз. Рудольф покрыты солончаками или скелетными суглинками.