Климат Лесото сравнительно холодный — хотя летом в Масеру и долинах температура достигает 30°, зимы бывают морозными и температуры варьируются от −7 °C в равнинных районах до −18 °C в горных. Между маем и сентябрём горные районы покрываются снегом. В среднем начало и конец заморозок варьируются от 18 мая — 6 сентября в более низких местностях до 16 февраля — 19 ноября в высокогорье, средний период заморозок составляет 111 на равнине и 276 в высокогорье.

Количество осадков сильно различается от высоты местности и составляет от 500 мм до 1200 мм. Основное количество осадков выпадает в тёплый период года с октября по апрель, максимальное — с декабря по февраль, когда ежемесячное количество осадков составляет 100 мм. 

Наименьшее количество осадков наблюдается в июне и составляет менее 15 мм в месяц. Средняя месячная испаряемость составляет 60-70 мм в июне-июле и 175—225 мм в декабре-январе, средняя годовая испаряемость составляет от 1400 мм в горных местностях до 1600 на равниннах. В целом испаряемость превышает количество осадков.

Средняя месячная скорость ветра составляет 1,4 м/с в октябре и 8 м/с в августе, направление ветра в основном меняется от 200° до 300°. Во время летней грозы скорость ветра иногда достигает 20 м/с. Средняя годовая продолжительность солнечного сияния составляет 3 211 ч на равнинах.