Реформы в области оказания медицинской помощи населению и направления системы здравоохранения являются частью глобальной стратегической программы развития экономической и социальной инфраструктуры. Эта программа опирается на принципы строительства светского демократического общества с рыночной экономикой.

История медицины в Азербайджане имеет глубокие корни. Для борьбы против множества болезней древние жители верили в колдовство. Об этом свидетельствуют и обрезки, нарисованные знаки в Азыхской пещере, относящейся к каменному веку.

Ранние жители в попытке лечения болезней использовали лекарственные растения и травы. Набранный ими опыт развивался из поколения в поколение в народную медицину. С появлением письма развитие устной и письменной ветвей народной медицины стал разделяться.

Богатый растительный мир Азербайджана привлекал внимание врачей и учёных с древних времён. Многие лекарственные растения использовались в целях профилактики и лечения. использовались семена, корни, цветки, листья. Женщины легко наблюдали воздействия на организм фруктов, овощей и лечебного чая, их влияние на кашель, кровотечение, боль, диарею и на другие болезни.

Однако из ранних рукописей следует, что в лечении использовали не только растения. Целители того времени были также знакомы с хирургией, обладали определенным опытом примитивными способами лечения опухолей, переломов в различных местах человеческого тела. К примеру, в результате археологических раскопок в селе Эрефли Агдамского района И.Наримановым был найден череп человека, относящийся к IV тысячелетию до н. э. (энеолит), со следами трепанации. В селе Хачбулаг Дашкесанского района в 1971 году в археолог Х. Кесе­мен­ли обнаружил череп, относящийся к концу бронзо­во­го и началу железного века, над которым также была проведена операция трепанации. Иссле­довавший череп Р.Гасымова отмечал, что «искусственная трепанация была проведена вблизи соединения теменной кости с лобной».

В 1958 году в селе Гаратепе Муганьской равнины во время археологических раскопок были найдены относящиеся к V-I веков до н. э. кувшины с загоревшими рутами, коими, как отмечают специалисты, жители того времени пользовались в качестве лекарства, для лечения ревматизма, лихорадки и в профилактике некоторых болезней.

Были известны также методы аромо-терапии. Верилось, например, что запах айвы, усиливает энергию тела. Лимон использовали с целью натроя нервной системы, а яблоки — для улучшения работы мозга.

В древности между жителями Азербайджана и жителями Месопотамии происходил активный культурный взаимообмен. Из Шумера, например, импортировалось масло кунжута и шафран. О лекарственных средствах и медицине имеются сведения и в древнейшем памятнике литературы народов Азербайджана и Ирана, священной книге огнепоклонников зороастрийцев Авесте. В ней также сказано, что «у врача есть три оружия: слово, травы и нож». Врач, лечащий словом и внушением считался в то время лучшим.