Главная водная артерия Камбоджи - река Меконг, протекающая по ее территории частью своего нижнего течения. Меконг судоходен на всем протяжении в пределах страны, а морские суда могут заходить из Южно-Китайского моря вплоть до Пном-Пеня. На западе находится крупное озеро Тонлесап.