Почти половину стока Рейн получает из Альпийской области.

В начале лета происходит бурное половодье, обусловленное таянием снега в горах. Горы Средней Германии, откуда поступает вторая половина стока, имеют совершенно иной режим с максимумом стока зимой, когда испарение минимальное.

Сочетание этих двух источников обеспечивает Рейну не только обильный, но и регулярный сток, что весьма благоприятно для судоходства. Большинство других рек страны начинается в горах Средней Германии.

В основном это притоки Рейна, но есть и самостоятельные реки, например Везер и Эльба, которые несут свои воды в Северное море.

Поскольку питание от снегов Альпийской области отсутствует, на этих реках в конце лета и осенью наблюдается межень.

Одер и его основной приток Нейсе тоже берут начало в горах Средней Германии.

На юге страны в Шварцвальде начинается Дунай, который течет на восток. Его водный режим формируется в основном под влиянием берущих начало в Альпах правых притоков.

Летние паводки и зимняя межень создают неблагоприятные условия для навигации.