В Бенин-Сити находится ряд лучших академических учреждений Нигерии, в частности, Университет Бенина (University of Benin (Nigeria)), Университет Амброзе Алли (Ambrose Alli University), Университет Бенсон Айдахоза (Benson Idahosa University), Университет Игбинедион (Igbinedion University), а также ряд частных ВУЗов.