Согласно оценке 2007 года 23,9 % взрослого населения (15—49 лет) заражено ВИЧ/СПИДом, ежегодно от СПИДа умирает 26 тыс. человек (2001), по уровню его распространения Ботсвана занимает второе место в мире после Свазиленда. Помимо СПИДа основными болезнями в стране являются малярия и туберкулёз, в 1999 году были зафиксированы 702 случая туберкулёза на 100 тыс. жителей, в 2000 году 17 % детей в возрасте до пяти лет болели маляриейю.