Из неё существует нерегулярный сток по пересыхающей р. Ботети (Ботлетле) через солёное оз. Цкау в солончак Макгадикгади, крупнейший в мире (около 40 тыс. км²). В наиболее многоводные годы из дельты Окаванго существует также сток в р. Замбези.
Юго-восток страны дренируют левые притоки реки Лимпопо, протекающей по границе с ЮАР, северо-восток — правые притоки р. Чобе, протекающей вдоль северной границы. На остальной территории существуют лишь пересыхающие реки, наполняющиеся водой только в сезон дождей, и бессточные солёные озера.