ложная береговая линия Гвинеи-Бисау сильно расчленена эстуариями рек. Острова Бижагош, расположенные у атлантического побережья страны, сформировались при затоплении древней дельты реки Жеба. На юго-восток страны заходят отроги плато Фута-Джалон, высотой до 262 м. 

От него с востока на запад простирается плоская аллювиально-морская низменность (местами заболоченная), постепенно опускающаяся, так как расположена в области новейших погружений на континентальной окраине Африки. Из полезных ископаемых известны месторождения бокситов, фосфоритов, золота, а на шельфе — нефти и газа.

Климат — субэкваториальный муссонный с влажным летом и сухой зимой. Средняя температура воздуха ≈ +26 °C в течение всего года. Годовое количество осадков уменьшается от 3000 мм на побережье до 1200 мм на западе, где часты засухи и пыльные бури.

Густая речная сеть представлена многоводными реками (Жеба, Кашеу, Корубал, Балана), судоходными на значительном протяжении.

Вдоль побережья произрастают мангровые леса на болотных мангровых почвах, сменяющиеся листопадно-вечнозелёными лесами. А за ними, во внутренних районах страны по долинам рек встречаются галерейные леса на аллювиальных почвах, а на месте вырубленных лесов — высокотравные саванны на красных ферралитных почвах.

 Коренные леса занимают 37 % территории Гвинеи-Бисау, ежегодно сокращаясь на 1 %. Из животных лучше других сохранились птицы, а млекопитающие большей частью истреблены человеком (встречаются обезьяны, бегемоты, выдры, ламантины).