В июле-августе, в сезон дождей, за несколько часов они наполняются водой, иногда вызывая половодья и вынуждая местных жителей селиться на возвышенностях. После дождей вода задерживается в них некоторое время, придавая руслам важное значение для земледелия и скотоводства. 

Например, гульби Нмаради имеет протяжённость на территории Нигера 150 километров, что делает его крупнейшим временным водостоком в стране. Подземные воды в районах плато Аир, Джадо и Кавар подходят очень близко к поверхности, порождая оазисы. В других местах они расположены на глубине до 650 метров. Из-за засушливости страны разведка и использование подземных вод являются очень важной задачей для страны.

Основу гидрографической сети Нигера составляют река Нигер с притоками, протекающая на юго-западе страны, и бессточноеозеро Чад с рекой Комадугу-Йобе, расположенные на юго-западе. На остальной территории страны находятся только временные водостоки (вади), наполняющиеся лишь в короткий дождливый сезон.

Озеро Чад и впадающая в него крупная река Комадугу-Йобе образуют речную сеть востока страны. Река Комадугу-Йобе берёт начало на территории Нигерии, последние 150 километров её течения образуют естественную границу между Нигером и Нигерией. В сухой сезон река сильно мелеет, в январе наступает паводок.

 Нигеру принадлежат около 3 тыс. кв. километров акватории озера Чад — одного из крупнейших водоёмов Африки. Площадь его изменяется от 10 до 26 тысяч кв. км, а глубина — от 1 до 4 метров. В июле из-за интенсивного испарения наблюдается спад вод, а в январе уровень воды наивысший. Озеро Чад богато рыбой, однако берега труднодоступны из-за растительности, заболоченности и изменения береговой линии.

Река Нигер, третья по длине река Африки, протекает по территории страны около 600 км, создавая обширную плодородную равнину, являющуюся житницей страны. Границу с Мали река пересекает относительно немноговодной, значительно испарившись в пустынях. На протяжении 200 км река проходит через кристаллические породы плато Липтако. На Нигере расположен Ниамей, столица страны, где реку пересекает один из немногочисленных мостов — мост Кеннеди. 

Южнее Ниамея русло реки проложено в плотных песчаниках, где во время паводков широко разливается, достигая 5 километров в ширину. На границе с Бенином Нигер огибает отроги горного массива Атакора, изгибы реки, напоминающие букву «Дубль Вэ», дали название расположенному здесь национальному парку. На территории страны Нигер принимает несколько притоков, крупнейшие из них с правого берега: Горуоль, Дарголь, Сирба, Горуби, Тапоа, Алибори, Сота и Мекру.

 Большинство правобережных притоков пересыхает в сухой сезон, с декабря по июнь. С окончанием сезона дождей реки превращаются в цепочки озёр, где вода сохраняется довольно долго. С левого берега в Нигер впадают только временные водостоки, крупнейшие из них — дассолы(вади) Босо и Маури.