В пакистанской долине Сват находится множество археологических памятников буддийской культуры. Много веков назад на севере Пакистана и в Афганистане было буддийское царство под названием Гандхара.
После прихода ислама, мусульманское населения долины Сват с уважением относилось к буддийскому наследию в виде памятников и статуй. В 20 веке буддийские руины стали туристической достопримечательность провинции Хайбер-Пахтунхва. Некоторые из руин признанны Организацией Объединенных Наций в качестве мирового наследия.
В марте 1949 года, при правительстве Лиакат Али Хана было провозглашено, что в государстве Пакистан будет одна государственная религия — Ислам. В 1950 году, Совет улемов Пакистана предоставил проект, известный как Двадцать два пункта улемов. Этот проект внёс изменения в конституцию в соответствии с целями резолюции (согласно Шариату).
В 1977 году при правительстве Зульфикара Али Бхутто были запрещены алкоголь и наркотики, также был перенесён выходной день с воскресенья на пятницу. Однако основная исламская программа стартовала в период исламизации общества при генерале Зия-уль-Хаке. Начиная с февраля 1979 года вступили в силу новые законы, основанные на исламских принципах справедливости и равенства.
В то же время по ряду законов для женщин были более серьёзные последствия чем для мужчин. Был введён закят (обязательный годовой налог в пользу бедных, нуждающихся, а также на развитие проектов, способствующих распространению ислама и истинных знаний о нём) и запрещено ростовщичество.
Христиане в Пакистане религиозное меньшинство, всего 3 миллиона человек (то есть, 1,6 %). Крупнейший христианский храм в стране — собор святого Патрика — находится в городе Карачи. В 1990 году церкви в Фейсалабаде были разрушены. В Пакистане в 2005 были угрозы бомбардировки. В Лахоре находится Собор Воскресения.
В Карачи живет христианская группа из Гоа. У Церкви Пакистана 800 000 членов. Церковь Пакистана была основана в 1970 году как объединение лютеранских, методистских и англиканских церквей. Вне объединения остались баптисты, адвентисты, сторонники Ассамблей Бога и Армии Спасения.
Индуисты составляют 5,5 % от всего населения Пакистана. В провинции Синд индуисты составляют 17 % населения. В Белуджистане чуть больше чем 1 % населения исповедует индуизм, а в Пенджабе и Хайбер-Пахтунхве — менее 1 %.
Конституция Пакистана устанавливает ислам как государственную религию, также обеспечивает всем гражданам право на свободу вероисповедания. Конституция ограничивает политические права не-мусульман Пакистана, только мусульманин имеет право стать президентом или премьер-министром.
Кроме того, только мусульмане имеют право служить в качестве судей в Федеральном шариатском суде (который имеет право отменить любой закон противоречащий исламу).