Рекомендована профилактика против малярии. Риск заражения малярией существует круглый год в областях с высотами ниже 600 м. Билхарзия (шистоматоз) распространена в южных районах. 

Следует избегать купания в застойных водоемах, плавательные бассейны обычно тщательно хлорируются и считаются безопасными. Риск заражения японским энцефалитом существует в период с апреля по январь в западных районах Лусона, Миндоро и Палавана. Также есть естественные очаги распространения бешенства и лихорадки денге. Стойкая к пенициллину гонорея и сифилис обычны в определенных районах Себу и Манилы.

Вода, используемая для питья, чистки зубов или создания льда должна была в обязательном порядке кипяченой. Молоко обычно не пастеризовано и обязательно должно подвергаться термообработке.

Следует избегать молочных продуктов, которые были приготовлены из не пастеризованного молока. Мясо и рыбу следует употреблять только тщательно прожаренными, предпочтительнее всего - горячими (только что приготовленные блюда). Овощи должны предварительно подвергаться термообработке, а плоды - вымыты и очищены.

Между Филиппинами и большинством стран мира нет взаимных соглашений об оказании медицинской помощи, страховые полисы можно использовать только в ряде курортных зон и то не в полном объеме. Приблизительно три четверти больниц и поликлиник являются частными и обслуживание в них стоит недешево.