Протестантизм был привезен на Филиппины первыми пресвитерианскими миссионерами, прибывшими в страну вместе с американскими солдатами в 1899 году.
Две независимые церкви на Филиппинах появились в в начале прошлого века, это Аглипаянская Церковь (Независимая Церковь Филиппин) и Iglesia Ni Kristo (Церковь Христа).Недавно Аглипаянская Церковь подписала соглашение с Англиканской Церковью.
В свою очередь Церковь Христа значительно расширила свое влияние. Ее церкви являются основными достопримечательностями многих городов.
Около 83% жителей Филиппин — католики
5% — мусульмане
5,4% — протестанты
2,6% — Независимая церковь Филиппин
2,3% — Iglesia ni Cristo (Церковь Христа)