Существует также небольшая иудейская община. По конституции 1949, католицизм был объявлен официальной религией, церковь не отделена от государства и частично финансируется из государственного бюджета. В государственных школах Коста-Рики, единственной из республик Центральной Америки, было введено преподавание религиозных дисциплин. Конституция гарантирует свободу вероисповедания, при этом лица духовного звания не могут избираться в законодательную ассамблею.

В Сан-Хосе существует протестантская теологическая семинария, где обучаются студенты из различных стран Центральной и Южной Америки. Тем не менее, движение за отделение церкви от государства постепенно набирает силу. Большинство кандидатов на пост президента Коста-Рики в 2009 году высказались в пользу такой меры.