Хребты Анд создают непреодолимый барьер для океанических воздушных масс, в результате чего создается контраст между пустынными склонами Тихоокеанского побережья и покрытыми лесом склонами, обращенными в сторону Атлантики.
До высоты 3500 м. преобладают умеренные температуры, без морозов и жары, выше начинается зона "пуны" ("холодное место"), для которой характерна сильная разряженность воздуха, низкие температуры (на высотах более 4100 м. не поднимаются выше 0 C) и резкие суточные колебания температуры (днем иногда до +20 C, ночью - заморозки до -12 C). Среднегодовая температура на высоте 4500 м. всего +2 C.
Климат Сельвы влажный, тропический, с большим количеством осадков. Среднегодовая температура +26 - 28 С. С ноября по март - сезон дождей.