Кушитская общность сложилась в Восточной Африке 10-12 тыс. лет назад; к концу III тыс. до н. э. возникло царство Куш. В III-I тыс. до н. э. древние египтяне организовывали сюда регулярные экспедиции за драгоценными благовониями и другими богатствами. Во время возвышения эфиопского Аксунского царства в IV-VI вв. н. э. чуть восточнее современного Джибути возникает важный порт Зейла, позже пришедший в упадок.

 Через Зейлу проходили корабли из Индии и с индонезийских Островов пряностей. «Путь специй» был монополией арабских купцов, которые в VII в. обратили большую часть коренных жителей Северной Африки в ислам; стали образовываться султанаты. В XII в. афары и сомали образовали на побережье султанат Адал (от эфиопского названия афаров), существовавший до XVI в. и противостоявший соседней христианской Эфиопии.

Потом в игру вступили португальцы: во-первых, они открыли альтернативный путь в Индию; во-вторых, с 1499 по 1530 г. они захватили весь сомалийский берег. В 1530-1559 гг. здесь шла опустошительная война между сомалийцами, египетскими мамлюками и турками против эфиопов и португальцев. Победила Абиссиния (эфиопское христианское государство).

Французское правительство пыталось закрепиться на Африканском Роге с середины XIX в., когда у французского дипломата Фердинанда де Лессепса возникла идея «искусственного Босфора» (Суэцкий канал). В 1862 г. французы закрепили свои права на землю афар и исса и якорную стоянку в Обоке договором с правителем Таджуры. В 1881 г. были учреждены французские акционерные компании по развитию территории. В 1888 г. каталонский капитан Элой Пино основал торговую факторию, на месте которой вырос современный город Джибути.

Благодаря своему исключительно выгодному географическому положению Джибути получил прозвище Жемчужина Таджурского залива. Город, основанный в 1888 г. как порт, и сегодня живет в основном за счет своих судоверфей. Колониальное разделение на европейские и африканские районы до сих пор очень заметно. Урбанизированная часть близ порта и центральной площади Менелик с красивыми старыми домами в османском и неомавританском стиле сильно отличается от бедняцкого района Балбала.

Цвета джибутийского флага олицетворяют море и небо (синий), землю (зеленый) и мир (белый), и еще зеленый — цвет народа афар, синий — цвет народа исса, красный — память о борьбе за независимость и символ единства. А на флаге Французского Иностранного легиона, дислоцированного в Джибути, зеленый символизирует страну, красный — кровь…

В столице проживает больше половины страны, и вся ее экономика выстроена вокруг международного порта и свободной экономической зоны Джибути. 

Главный внешнеполитический партнер — Франция; с колониальных времен в Джибути осталась крупнейшая французская военная база в Африке, где дислоцирована значительная часть Французского Иностранного легиона. Также имеется крупная американская военная база. Иностранное присутствие в Джибути резко усилилось в ходе международной операции против сомалийских пиратов (с 2009 г. акваторию Аденского залива контролируют объединенные силы ВМФ 27 стран, и их главная база — порт Джибути).

Внутренняя же политика продиктована взаимоотношениями двух главных этносов — афар и иссу. Если при колониальном режиме главенствовал народ афар, то после провозглашения независимости в 1977 г. к власти пришел клан народа исса: сначала Хасан Гулед Аптидон, с 1999 г. его племянник — нынешний президент Исмаил Омар Гелле. 

Недовольство афаров вылилось в гражданскую войну 1992-2000 гг., закончившуюся соглашением о разделе полномочий. А на сопредельных территориях конфликты не прекращаются, поэтому масса беженцев и нелегальных иммигрантов пополнила ряды жителей джибутийской столицы; они осели в бедняцком «народном квартале» Балбала, так не похожем на деловой центр, с его посольствами, отелями и правительственными зданиями.