Более 3% жителей страны больны СПИДом или инфицированы ВИЧ. Доступ к системе здравоохранения имеют чуть более 90% от всего населения Джибути. Расходы на медицину составляют 5% от общего ВВП страны. По уровню младенческой смертности государство входит в первую десятку самых неблагополучных стран. Врачи обучаются за границей, так как собственных медицинских институтов нет.