В Кабуле, находящемся на высоте 1830 метров над уровнем моря, достаточно холодные зимы и теплое лето (в июле +25°С, в январе – от -4°С до +7°С).

В Джелалабаде (550 м над уровнем моря) климат практически субтропический (средняя температура июля – +30°С, января – +2°С при минимальных температурах до -20°С), а в Кандагаре (1070 м над уровнем моря) – более мягкий и относительно влажный.

Осадков выпадает не более 370-400 мм в год, в основном зимой и весной. Только на юго-востоке Афганистана, где сказывается действие индийского муссона, наблюдаются летние дожди, горные склоны здесь получают до 800 мм осадков.

При этом на всей территории страны нередки сильные пыльные бури (так называемый "афганец"), а зимой – сильные и холодные северные ветра.

Большая часть страны не имеет естественных водотоков, лишь реки бассейна Амударьи (Мургаб, Кокча, Пяндж и др.) и Инда (Гомаль, Кабул, Куннар, Куррам и др.) имеют внешний сток, остальные либо исчезают в песках Регистана и Каракума, либо разбираются на водоснабжение, поскольку запасы пресной воды сильно ограничены.