Исповедование индуизма в Афганистане началось в ведийский период, когда население страны разделяло общую культуру с Индией. Индуизм практиковался наряду с буддизмом и зороастризмом. Махабхарата упоминает о короле Шакуни который был правителем области Кандагар в Афганистане. В Кушанском царстве поклонялись индуистским богам, а также Будде и местным божествам.
Население индуистов в Афганистане в 1990 году, по оценкам, насчитывало около 200 000 человек. Основные этнические группы в Афганистане, которые практикуют индуизм, это пенджабцы и синдхи которые приехали в качестве торговцев за последние несколько веков.
Наряду с сикхами, они все вместе известны в Афганистане под названием Хиндки. Афганские индуисты проживают в городах Кабул и Кандагар. Лойя-джирга имеет два места отведённые для индуистов.
Самое раннее упоминание о христианстве на севере Афганистана можно найти в «Книге законов и стран» Вардесана (начало III в.). Позднее христианство было распространено в основном на западе Афганистана. В начале V века здесь появился первый епископ.
Кафедра его находилась в г. Герате. Однако в эпоху средних веков Афганистан превратился в преимущественно мусульманскую страну. Попытки христианских миссионеров обратить местное население в свою веру жестко пресекались местными исламскими радикалами.
К настоящему времени в Афганистане насчитывается не более 2000 христиан и они вынуждены исповедовать свою веру конспиративно или на территории иностранных организаций. За переход из ислама в христианство в Афганистане предусмотрена смертная казнь.
Для отправления различных религиозных обрядов в Афганистане насчитывается свыше 15 тысяч мечетей. В одном только Кабуле функционирует более 545 мечетей. В стране насчитывается около полутора тысяч мазаров (гробниц) и «святых мест» (зийарат).
Наибольшей известностью пользуется мечеть Рузайи-шариф в Мазари-Шарифе, где, по преданию, захоронен один из наиболее почитаемых в Исламе, особенно среди шиитов, святых — Али, двоюродный брат и зять Мухаммада, а также священное здание Сахи-Джан в Кабуле, где он будто бы останавливался на ночлег.
Широко известна мечеть в Кандагаре, где выставлена одежда якобы самого пророка Мухаммада, гробница Ахунд-заде близ Джелалабада.