Главный источник питания крупных рек – горные снега и ледники.

Паводки приходятся на весну и лето. Вследствие больших заборов воды на орошение и сильного испарения даже крупные реки мелеют во второй половине лета.

На южных склонах Гиндукуша берут начало реки Кабул и Гильменд, имеющие ледниковое питание. Самый плодородный и густонаселенный район Афганистана приурочен к бассейну Кабула.

Река Гильменд пересекает значительную часть страны в юго-западном направлении и теряется в пределах пустынной глинистой равнины Систан на территории Ирана. В ее долине имеется ряд оазисов.

Река Герируд (Теджен в нижнем течении на территории Туркмении) берет начало в Гиндукуше и течет на запад, а затем резко поворачивает на север, образуя ирано-афганскую границу.

Ее воды орошают плодородный Гератский оазис. Реки Бактрийской равнины на севере имеют непостоянный сток и летом сильно пересыхают.

Многие из них не доходят до Амударьи и теряются в песках, образуя обширные дельты. Горные реки обладают значительным гидроэнергопотенциалом и, как правило, несудоходны.

Река Кабул судоходна на протяжении ок. 120 км.

Озер в Афганистане мало. В горах Гиндукуша наиболее крупные и живописные озера – Сарыкуль, Шива и Банди-Амир.

На западе и юго-западе страны имеются пересыхающие летом соленые озера – Сабари, Намаксар, Даги-Тунди.