Восточная Малайзия (остров Калимантан) на юге граничит с Индонезией, на севере – с Брунеем, и омывается Южно-Китайским морем на севере, морем Сулавеcи - на юге и морем Сулу – на северо-востоке. От Филиппин страну отделяют только проливы Балабак и Алис.

Рельеф континентальной Малайзии преимущественно гористый, образованный несколькими хребтами, протянувшимися с севера на юг (высшая точка - 2100 м.). Лишь вдоль побережья местность равнинная. Штаты Саравак и Сабах также гористы, но хребты вулканического происхождения лежат более хаотично и обрамлены узкой прибрежной равниной. Высшая точка страны - г. Кинабалу (4101 м.), расположена на севере Сабаха, в составе хребта Крокер.

С 2005 года старая столица страны Куала-Лумпур (20 км севернее) постепенно избавляется от административных функций, передавая их специально выстроенной для этих целей новой столице.