В среднем Повардарье смешиваются средиземноморские и континентальные воздушные потоки. Среднегодовые июльские температуры превышают там 25°С, а январские ниже 0°. Холодный воздух с севера снижает температуру до -20°С.

В Охридской и Преспанской котловинах амплитуды колебания температуры значительно меньше.

На Шар-горе и в Караджичи выпадает снег, таяние которого питает горные реки и даёт воду для гидростанций.