Ландшафт страны представляет собой древние горные массивы и более молодые породы в котловинах на месте высохшей части Эгейского моря; Вардарская низменность расположена вдоль течения реки Вардар.

Вардарская долина продолжается на востоке рядом менее выраженных котловин, расположенных несколько выше: на севере Прешевско-Кумановская котловина, соединяющая М. с Моравской долиной, Овче поле, Штипская и Кочанская котловины, Радо-вишская и Валандовско-Дойранская котловины.

Вдоль реки Вардар и на севере Восточной М. расположены холмистые районы вулканического происхождения, богатые полезными ископаемыми (свинец, цинк, медь, железо).

В Восточной М. — средневысотные горные отроги пересекают местность с востока на запад: Беласица на юге, Плячковица, Малешеские и Осоговские горы и Козьяк на севере, между которыми расположены долины и котловины Струмицы, Брегальницы и Кривой реки, по которым проходит главная дорога из М. в Болгарию.

Преимущественно гористая Западная М. разделяется Прилепско-Битольской долиной (Пелагонией) на две части.

На юге расположены Охридская и Преспанская котловины с одноимёнными озёрами. Восточнее простирается преимущественно альпийское высокогорье Караджица (высшая точка — Солунска глава, 2538 м).

Вдоль реки Црна располагается Прилепско-Битольская котловина. Землетрясение в Скопье в 1963 напомнило, что на территории М. еще не закончились тектонические процессы.