Климат Малави экваториальный муссонный с дождливым летом (ноябрь — март) и сухой зимой. Средняя температура самого тёплого месяца (ноября) колеблется от 20 °C в горах до 27 °C на побережье озера Ньяса, самого холодного (июля) соответственно от 14 °C до 19 °C. На высоте более 2000 м температура иногда опускается ниже 0°, а вершины покрываются снегом. Осадков от 750—1000 мм в год в долинах до 2500 мм в горах.

Основу внутренней водной сети образует озеро Ньяса, протягивающееся по территории Малави на 560 км. Кроме Малави к озеру имеют выход Мозамбик и Танзания, но, если граница между Малави и Мозамбиком проходит по медианной линии озера, как это принято в мировой практике, то граница между Малави и Танзанией была установлена по соглашении между Британской и Германской империями в 1890 г. и проходит по берегу Танзании, лишая её выхода к озеру, что оспаривается танзанийской стороной. Из озера Ньяса вытекает судоходная река Шире (приток Замбези). Максимум стока — летом. Река Шире протекает через озеро Маломбе. На юго-востоке — крупное бессточное солоноватое озеро Ширва.

В северной части страны преобладают тропические сезонновлажные леса с выраженной высотной поясностью, на остальной территории — ксерофитные тропические леса, акациевая саванна с баобабом и парковая саванна с пальмами. В долинах рек распространены галерейные леса. В районах, лежащих выше 1500 м, — горные степи. Типичный для саванн животный мир представлен слонами, буйволами, носорогами, антилопами, зебрами, жирафами, львами, леопардами, гепардами, шакалами, гиенами и др. Обилием многих крупных животных выделяются болотистые заросли озера Ширва. Озеро Ньяса богато рыбой, особенно тилапией. Из насекомых широко распространена муха цеце.