После 1975г. большая часть врачей выехала из Мозамбика. Опираясь главным образом на средний медицинский персонал, а не на дипломированных специалистов, правительство Фрелимо расширило медицинское обслуживание сельских жителей и обитателей городских трущоб.

Главное внимание при этом уделялось профилактике заболеваний, включавшей рациональное питание, вакцинацию и санитарно-гигиенические мероприятия. Правительство установило минимальную оплату за медицинское обслуживание и широко использовало медицинский персонал сельских районов для проведения вакцинации и медицинского просвещения населения. 

Затяжная гражданская война обрекла на неудачу усилия Фрелимо по реорганизации системы здравоохранения. Демократически избранное в 1994г. правительство предприняло решительные меры по совершенствованию национального здравоохранения. В 1997г. в Мозамбике действовали 43 больницы и 277 медицинских центров, в которых работали около 7700 медицинских работников (преимущественно младший медицинский персонал). 

Основные проблемы здравоохранения связаны с крайне низким уровнем жизни подавляющего населения страны. Хроническое недоедание и голод создают благоприятные условия для распространения инфекционных заболеваний. Распространены тропические болезни (малярия, лепра, шистоматоз и др.). 

В периоды частых засух вспыхивают эпидемии дизентерии, так как часть населения живет в необеспеченных водопроводом и канализацией районах (в 2000г. доступ к чистой воде имели 60% населения). Опасность для здоровья человека представляют вредные насекомые, в том числе москиты и малярийные комары. 

Остро стоит проблема СПИДа, в 2001г. от него умерли 60 тыс. человек, насчитывалось 1,1 млн. ВИЧ-инфицированных. Мозамбик входит в число 9-ти африканских стран с наибольшим количеством детей, зараженных СПИДом (из 10-ти таких стран в мире). В рамках финансируемой правительством США программы ЛАЙФ («Лидерство и инвестиции в борьбе с эпидемией») страна (в числе других 12-ти государств Африки) получила дополнительное финансирование для борьбы со СПИДом.

Ежедневно заражается 500 человек, и СПИД начал заслонять все остальные медицинские проблемы этой страны. MSF помогает создать в регионе местные возможности для местных медицинских работников для обеспечения всесторонней качественной помощи все возрастающему числу пациентов, страдающих этим заболеванием. 

В столице страны городе Мапуту MSF работает в медицинском центре Альто Маэ, где организация ежемесячно проводит более 3 000 консультаций, и в больнице Чаманкулу, где каждый месяц проводится более 650 приемов пациентов в рамках программы профилактики передачи вируса от матери к ребенку. 

Другая важнейшая составляющая работы MSF в Мозамбике – борьба со стигмой и дискриминацией, ведущими к изоляции ВИЧ-инфицированных. Эта работа ведется путем информирования, образования и просветительских мероприятий. Начиная с октября 2003 года в Мапуто и Личинге MSF ведет подготовку студентов-медиков и врачей, а также персонала, работающего на горячих телефонных линиях по СПИДу.

Среди других мероприятий по борьбе с дискриминацией можно назвать кампании на радио, использование принципа помощи "равный – равному", которую оказывают консультанты по СПИДу, работающие в комнатах ожидания больниц, и уличного театра в тех районах, где MSF проводит программы помощи на дому. В январе 2004г. в Мапуту зарегистрирована вспышка холеры. По инициативе ВОЗ в том же месяце в г. Бейре проведена первая в мире массовая вакцинация против холеры. 

Большинство стран с низким уровнем дохода разрабатывают свой бюджет совместно с Международным валютным фондом (МВФ). МВФ поощряет страны в том, чтобы ограничивать государственные траты, причем эти ограничения исходят из возможностей национальных ресурсов, а не из реальных потребностей. Устанавливается и потолок для фонда заработной платы, в который входят все оклады в государственном секторе.

Поэтому, даже если доноры готовы финансировать расходы, связанные с профессиональными кадрами, что позволило бы, например, повысить зарплаты или создать новые рабочие места для медицинских работников, то страны, как правило, не могут воспользоваться этими средствами из-за ограничений на расходы, установленных совместно с МВФ.