Серьезную опасность для здоровья представляет т.н. «серповидноклеточная» анемия – наследственная болезнь, распространенная главным образом среди темнокожего населения. По некоторым данным ею страдают ок. 30 млн. нигерийцев.

Нехватка чистой питьевой воды (постоянный доступ к ней имеют 57% населения) приводит к вспышкам кишечно-инфекционных заболеваний. В октябре 2005 в северо-восточных штатах были зафиксированы вспышки холеры, в результате которых умерли 26 чел. В 2000 доступ к медицинскому обслуживанию имели 63% населения, расходы на здравоохранение составили 2,2% ВВП. Остро стоит проблема заболевания СПИДом.

Темпы заболеваемости им в 2003 составили 5,4%. В 2003 насчитывалось 3,6 млн. больных СПИДом и ВИЧ-инфицированных, умерли 310 тыс. чел. Нигерия принадлежит к числу африканских стран, входящих в десятку государств мира с наибольшим числом инфицированных СПИДом детей.

С нач. 2000-х активизировались действия по реализации национальной программы борьбы со СПИДом. Кадры врачей готовят на медицинских факультетах Лагосского, Ибаданского и Нигерийского университетов, государственного университета штата Лагос (г.Апапа), университета Бенин, университета им.Амбрози Алли, университета им. Ахмаду Белло, а также в университетах, расположенных в городах Кано (осн. в 1977) и Сокото (осн. в 1975). Согласно данным доклада ООН о гуманитарном развитии планеты, в 2005 Нигерия в рейтинге стран находилась на 158-м месте (в 2001 – на 152-м).