Следующие численности– христиане (15%). К ним относятся русские – православные, а также немцы, которые традиционно делятся на католиков и лютеран. Небольшой процент населения исповедует буддизм и иудаизм.

В Кыргызстане разрешена деятельность религиозных организаций. В тоже время в 2009 году принят закон «О свободе вероисповедания и религиозных организациях в Кыргызской Республике», который ужесточил требования к деятельности религиозных организаций: для регистрации общины необходимо 200 членов, а миссионерство существенно ограничено. 

В настоящее время интерес к религии в республике значительно возрос. Если в советский период в Киргизии действовало всего 39 мусульманских мечетей и 25 храмов и приходов русской православной церкви, то на конец 2005 зарегистрировано более 1338 мечетей и более 40 храмов и приходов православной церкви, 200 молельных домов различных христианских конфессий.

В 1991 году в Бишкеке был создан Исламский центр, который в значительной степени регулирует деятельность мусульманских организаций в Киргизии, а также занимается такими вопросами как просвещение и образование

В Кыргызстане существуют религиозные образовательные учреждения, в основном мусульманские и христианские. На сегодняшний день в Киргизии действуют 10 мусульманских и одно христианское высшее учебное заведение, а также 62 мусульманских и 16 христианских духовных образовательных учреждений.

Контроль над деятельностью религиозных организаций и религиозных образовательных учреждений осуществляется в соответствии с Законом «О свободе вероисповедания и религиозных организациях», а также Государственной комиссией по делам религии.

Киргизия – светская, демократическая страна, где религия не имеет государственного статуса.

Конституцией страны «гарантируется свобода совести и вероисповедания. Каждый имеет право исповедовать индивидуально или совместно с другими любую религию или не исповедовать никакой».