До арабских завоеваний в начале VII века н.э. основными религиозными культами, исповедуемыми народами на территории Таджикистана были зороастризм, манихейство, буддизм и индуизм, а также христианство несторианского толка и иудаизм.

Арабское нашествие принесло с собой полную «исламизацию» территории, которая полностью завершилась к середине XI века. Однако, ранее, еще в VII веке н.э., после смерти пророка Мухаммада, в исламе возникло несколько течений, главными из которых стали суннизм и шиизм.

Последователи шиизма - шииты признают законным преемником пророка Мухаммада только четвертого халифа Али - двоюродного брата и зятя пророка Мухаммада, а также его потомков.

В свою очередь шииты тоже делятся на несколько направлений. Например, исмаилиты, проживают, в основном, на территории Горного Бадахшана. Свое название оно получило от имени Исмаила - сына шестого имама, главы шиитской общины, Джафара ас-Садика. Главой общины исмаилитов в настоящее время является принц Карим Ага-хан IV (родился в 1936 году в Женеве; постоянно проживает во Франции).

В отличие от шиитов, сунниты не признают возможности посредничества между Богом и людьми после смерти Пророка Мухаммеда, отрицают идею об особой природе Али и праве его потомков на имамат.

Суфизм – еще одно направление ислама, как говорят многие – мистико-аскетичное. Уже в ХI-ХII веках стали возникать суфийские братства или ордена, во главе которых стояли пиры и ишаны. Некоторые из этих орденов существуют и действуют и в настоящее время. Самые известные суфийские ордена - накшбандия, кубравия, кадирия, ясавийа.