Из этого объема на территорию республики приходится 51,2 млрд куб. м вод, или 44 % годового стока Аральского моря, причем на бассейн Амударьи - 50,5 млрд куб. м, Сырдарьи - 0,7 млрд куб. м. Основной сток дают реки Пяндж, Вахш, Кафирниган, Бартанг и Зеравшан.

Водные ресурсы Таджикистана образуют главным образом талые воды ледников и атмосферные осадки. Всего в ледниках и снежниках Таджикистана сосредоточено до 500 куб. км воды. Основная их часть расположена в бассейнах рек Обихингоу, Гунт, Муксу, в высокогорной части территории республики. 

Ледники и фирновые поля занимают около 6 % территории страны. Свыше 1300 озер содержат 44 куб. км воды, в том числе более 20 куб. км пресной и 24 куб. км соленой. Их общая площадь равна 705 кв. км. 

Особенности горной территории обусловили развитие в Таджикистане густой речной сети с ледниково-снеговым и дождевым типом питания, охватывающей 947 рек протяженностью более 10 км и общей длиной свыше 28500 км. Поверхностный сток местами превышает 45 л/сек/кв. км. Наибольший расход воды в реках наблюдается в июне-августе, в период максимального снеготаяния.

Большинство рек Таджикистана являются главным, а иногда и единственным источником питьевой воды близлежащих населенных пунктов и городов, которые размещаются главным образом вдоль русел рек, долин и оазисов.

В республике эксплуатируются 9 водохранилищ с объемом чаш от 0,028 до 10,5 куб. км. Крупнейшие из них - Кайраккумское - на севере Таджикистана и Нурекское - в центральном Таджикистане. Они в основном используются для целей энергетики, ирригации, рыборазведения, водоснабжения и селезащиты.

Используемые в народном хозяйстве подземные воды приурочены преимущественно к рыхлым четвертичным отложениям крупных речных долин (реки Сырдарья, Кафирниган, Вахш, Кызылсу, Яхсу) и межгорных впадин.

Потенциальные запасы подземных вод составляют 6,9 куб. км/год, причем эксплуатационные запасы оцениваются в 2,5 куб. км/год. Забор подземных вод осуществляется на нужды хозяйственно-питьевого водоснабжения, производственно-технические цели и орошение земель в размере до 6500 тыс. куб. м/сутки. Подземные воды распространены весьма неравномерно в пределах глубин от 1 до 100 метров с различными дебитами. Пролювиально-аллювиальные отложения среднечетвертичного возраста водоносны повсеместно - это родники с дебитом не более 0,1 л/сек, вода пресная, минерализация не более 0,1 г/л, тип воды гидро-карбонатно-сульфатный, кальциево-натриевый.

В Таджикистане широко распространены лечебные, термальные и минеральные воды и источники, число которых превышает 200. Здесь встречаются сульфидные, железистые, йодные, бромные, сероводородные, радоновые и кремнистые воды.

Основным потребителем воды в Таджикистане является орошаемое земледелие, доля которого в структуре водопотребления составляет до 93 % всей пресной воды. Практически 95 % продукции растениеводства республика получает с поливных площадей. Коммунальный сектор потребляет соответственно 3 % и промышленность 4 %. При этом промышленный сектор использует поверхностные и подземные воды примерно в равных количествах.

 В среднем ежегодный объем потребления составляет 12,5-13 куб. км, при этом около 4,5 куб. км (40 %) отводится в поверхностные водоемы в виде коллекторно-дренажных и прочих сбросных вод. Наибольший ежегодный объем водопотребления - до 15 куб. км и более - наблюдался в 1977-1984 гг. На современном этапе Таджикистану выделены водные ресурсы объемом 14,29 куб. км. Интересно отметить, что в 1960 г. общий водозабор в республике составлял 8 куб. км. Таким образом, за последние 30 лет водопотребление страны возросло на 40 %.

Потери воды при транспортировке составляют 17 %, что является прямым следствием низкой эффективности оросительных каналов и прочих водохозяйственных сооружений, коэффициент полезного действия которых находится в пределах 0,55-0,65.

 При прямом методе орошения потребляется 14-16 тыс. куб. м воды на гектар, тогда как, используя альтернативные методы, можно было бы сократить расход воды на эти цели на 15-25 %, однако из-за высокой стоимости они практически не применяются. Общая площадь орошаемых земель в Таджикистане составляет 720 тыс. га, при этом хлопок является главной поливной сельскохозяйственной культурой.

Ежегодный объем забора подземных вод составляет в среднем 1000 млн. куб. м; он осуществляется из 5 тыс. скважин и групповых подземных водозаборов. Подземные воды используются в основном промышленностью и коммунальными службами. Интенсивное загрязнение подземных водоносных горизонтов впроцессе инфильтрации поливных вод в пределах левобережья Сырдарьи приводит к дефициту питьевой воды в северных регионах республики. И этот процесс прогрессирует. Аналогичная картина наблюдается в ряде районов юго-западного Таджикистана.

Создание крупных водохранилищ в сильнейшей степени влияет не только на режим рек, но и на условия окружающей среды, природные ресурсы, санитарную обстановку населённых пунктов, сельское хозяйство.

 Для рек Таджикистана характерно наличие значительного количества твердого стока, что приводит к потере функции водохранилищ как регулятора сезонного, годового и многолетнего стока рек из-за их быстрого заиления и увеличения мертвого объема, что также сокращает потенциал выработки электроэнергии.

Орошаемое земледелие непосредственно сказывается на гидрологическом режиме рек, особенно в сезон вегетации. Резко повышается расход воды, и снижаются объемы рек в низовьях. Особенно катастрофические масштабы принял этот процесс в бассейне Арала. Во многих случаях речной сток разбирается почти полностью, как, например, на реках Исфара, Исфана, Каттасай, Даганасай, Варзоб, Каратаг, Иляк, Ширкент, Яхсу.

 Коренным образом изменился гидрологический режим на реке Явансу, где в результате освоения долины сбросные воды увеличили расход воды в 150-200 раз. К тому же катастрофически усилились процессы береговой и овражной эрозии.

Забор воды на орошение также вызвал изменение гидрологического режима десятка малых рек. Например до освоения территории наибольший сток реки Явансу наблюдался в апреле и не превышал 2,5 куб. м/сек, тогда как в последнее время максимум стока отмечается в августе, в период орошения хлопчатника, и превышает 20 куб. м/сек, что также способствует развитию мощной береговой и овражной эрозии.

Климатический фактор в свою очередь способствует изменению гидрологического режима рек. Периодически засушливые годы с резким повышением максимальных летних температур приводят к увеличению таяния снежников и значительному увеличению расхода воды. Это служит причиной сильных паводков, особенно на реке Пяндж, и сильному загрязнению воды взвешенными веществами. 

Засуха вызывает сокращение стока и обмеление водоемов. Ливневые осадки часто сопровождаются образованием крупных селей и паводков, которые проходят вдоль русел рек и приносят значительный ущерб сельскому хозяйству, жилым постройкам и коммуникациям (например, в 1992-1994, 1998 гг.).

Являясь верховьем стока бассейна Аральского моря, реки Таджикистана непосредственно влияют на состояние и уровень его воды.