Почти вся территория Боснии и Герцеговины, за исключением севера лежит в пределах Динарского нагорья, сильно расчленённые хребты которого простираются параллельно друг другу с северо-запада на юго-восток.

Между хребтами вытянуты обширные межгорные котловины, в которых располагаются населённые пункты страны. Высота хребтов понижается от центра к границе с Хорватией на севере и юге.

Высочайшая вершина — гора Маглич (2386 м).

В горах, сложенных известняковыми толщами, распространены карстовые формы рельефа (карстовые пещеры, подземные реки, карры), а в межгорных котловинах — обширные карстовые поля (самое крупное Ливаньско-Поле — 405 км²).

На юге Динарского нагорья, в районе города Неум, Босния и Герцеговина имеет небольшой выход к Адриатическому морю (но прибрежные воды принадлежат Хорватии).

На севере, в долине реки Савы расположена южная часть Среднедунайской низменности.

Территория страны образовалась во время альпийской складчатости и расположена в пределах Альпийско-Гималайского подвижного пояся, что объясняет высокую сейсмичность Динарского нагорья.

27 октября 1969 катастрофическое землетрясение полностью разрушило город Баня-Лука.

Недра Боснии и Герцеговины богаты бокситами, лигнитами, бурым углём, железными, марганцевыми, ртутными рудами, каменной солью. На большей части территории Боснии и Герцеговины климат умеренно-континентальный с тёплым летом и умеренно прохладной зимой.

На север текут реки Уна, Врбас, Босна (река), Дрина, впадающие в Саву, принадлежащую бассейну Дуная.

Река Неретва впадает в Адриатическое море. На горных реках, обладающих большим гидроэнергетическим потенциалом, построено около 30 ГЭС (Бушко Блато, Ябланица).

Леса занимают около половины территории страны (в основном в горах). Сельскохозяйственные угодья вытеснили леса с равнинных территорий.

В нижнем поясе гор на северных склонах произрастают широколиственные леса, сменяющиеся выше 900 м елово-пихтовыми лесами, а выше 1700 м — сосновым криволесьем и субальпийскими лугами. Юго-западные склоны заняты вечнозелёной средиземноморской растительностью.