Закон позволяет всем Церквам и религиозным общинам приглашать иностранных миссионеров без каких-либо ограничений, причем миссионеры могут оставаться в стране без специального разрешения на проповедническую деятельность.

Действующие в стране незарегистрированные религии государство подразделяет на 3 категории: нетрадиционные религии (например, Ананда Марга, Сознание Кришны и др.), синкретические религиозные организации (Церковь объединения, Церковь саентологии и др.) и христианские религиозные организации.

Зарегистрированные религиозные организации получают субсидии из госбюджета на содержание помещений и священнослужителей.

Государство оплачивает преподавание в школах лекций по религии (по инициативе религиозных организаций в школах могут проводится дополнительные лекции, оплачиваемые уже самими организациями).

Религиозные организации освобождены от части налогов и таможенных пошлин. Государство руководит деятельностью фонда "Pro Slovakia", который занимается восстановлением религиозных памятников культуры.

Закон "О реституции коммунальной собственности" позволил всем Церквам просить возвращения их собственности, которая была конфискована коммунистическим правительством, но заявку на возвращение необходимо было подать не позднее 31 декабря 1994 г.

При этом Церковь не имела права требовать возвращения собственности родственных ей организаций, ныне не действующих на территории Словакии, например ордена бенедиктинцев.

К 2001 г. Православной Церкви передано примерно 85% ее прежнего имущества, на которое были заявлены претензии, Католическая Церковь получила более 50% собственности и еще 12% собственности было юридически возвращено Церкви, но пока находится в руках прежних собственников.

В 1990-е гг. в Словакии произошло значительное укрепление позиций Католической Церкви, построено более чем 600 храмов, а их общее число достигло 3 200.

Закономерным итогом этого процесса стало голосование 30 ноября 2000 г. в парламенте Словакии за принятие государственного договора с Ватиканом, регулирующего достойное положение Католической Церкви в республике.

За конкордат голосовали 100 из 113 присутствовавших на заседании парламентариев (всего в парламенте 150 депутатов).

В тот же день президент Словакии Рудольф Шустер поставил свою подпись под этим документом. Государственными праздниками Словакии объявлены главные католические торжества и праздники, церковный брак признается действительным и равным государственному. Договор с Ватиканом бессрочен и изменить его можно только при согласии обеих сторон.

15 декабря 2000 г. лидеры Православной и Греко-Католической Церквей подписали совместное соглашение со словацким правительством.

При его подписании присутствовал премьер-министр Словакии Микулаш Дзуринда, который заверил присутствующих в том, что правительство будет оказывать финансовую помощь обеим Церквам.

Канцлер столичного совета Православной Церкви профессор Mилан Герка заявил, что оно является первым в мире соглашением такого рода, в то время как в соседних странах православные и греко-католики заняты спорами о собственности.

"Мы должны думать о будущем нашей Церкви, а не остаться навсегда с чувствами горечи и обиды", - подчеркнул он.

Профессор Герка пожелал достигнуть такого же соглашения православным и греко-католикам Украины, если правительство этой страны пожелало бы поддержать их объединение.