Самым жарким является тихоокеанское побережье страны. Здесь в период с марта по сентябрь в дневные часы воздух прогревается до +34..+36 градусов, а в ночные часы охлаждается до +20..+22 градусов. В период с сентября по март дневные температуры воздуха поднимаются до +31..+33 градусов, а ночные опускаются до +17..+19 градусов. На карибском побережье Панамы суточный ход температуры не так заметен. С марта по сентябрь днём воздух прогревается до +30..+32 градусов, а ночью охлаждается до +23..+25 градусов. В относительно прохладное время года с сентября по март дневные температуры воздуха достигают +28..+30 градусов, ночные опускаются до +20..+22 градусов. В центральных гористых районах страны на высотах более 1000 м над уровнем моря температура воздуха на 7-8 градусов ниже, чем на побережьях.

В течение года в Панаме выпадает до 3500 мм осадков на северных склонах гор и на карибском побережье, и до 2000 мм - на тихоокеанском побережье. Относительно сухой сезон длится с декабря до середины апреля, дождливый - с мая по декабрь. На тихоокеанском побережье эти сезоны выражены более заметно: во время сухого сезона выпадает менее 50 мм осадков в месяц, а во время дождливого - 300-400 мм. На карибском побережье и на северных склонах гор выпадает достаточно большое количество осадков - от 200 до 400 мм ежемесячно. Также во время дождливого сезона на карибское побережье часто приходят мощные циклонические вихри, характеризующиеся сильным порывистым ветром и сильными ливнями, но основной путь тропических ураганов, свойственных для Карибского моря, проходит севернее.