Самый высокий из них – Санта-Ана (на западе страны) достигает 2381 м высоты. Образовавшийся в конце XVIII века и почти непрерывно действующий соседний вулкан Исалько (1885 м) называют «маяком Сальвадора» – по ночам зарево над ним видно с кораблей, проходящих далеко в океане. Частые извержения вулканов и землетрясения причиняют немалый ущерб населению. 

Горный остов страны круто обрывается на юг к протянувшейся вдоль тихоокеанского побережья полосе низменности шириной 10-30 км. К северу от нагорья почти параллельно побережью лежит глубокая (350-450 м) тектоническая впадина – долина реки Лемпы, над которой высится южный край плоскогорья Гондураса. После поворота реки Лемпы на юг эта впадина, постепенно понижаясь, продолжается дальше на юго-восток к заливу Фонсека. 

Поверхность нагорья покрыта мощным слоем вулканического пепла и лавы, на которых образовалась пористая, обладающая высоким плодородием почва. На ней произрастают тропические культуры и культуры, завезенные из Европы. Сальвадор расположен в тропическом поясе, однако благодаря значительной абсолютной высоте его нагорье находится в пределах «умеренной» высотной зоны тропической Америки – тьерры-темплада.

Год делится на два сезона: сухой (ноябрь-апрель) и дождливый (май-октябрь). Постоянные ветры с Карибского моря – пассаты, достигая Сальвадора, уже теряют часть влаги, на нагорье выпадает в год до 1600-1700 мм осадков, а во впадине Лемпы – всего 600-700 мм. Средняя месячная температура 22-25° С; на низменности – на 2-3° С выше, в горах – на 3-5° С ниже. Именно на нагорье проживает 70% населения страны, расположены столица и другие наиболее крупные города. 

В Сальвадоре много красивых горных озер. Крупнейшие из них – Гуиха на северо-западе, на границе с Гватемалой, и Илопанго – в 16 км от столицы. Крупнейшая река страны – Лемпа начинается в Гватемале и на протяжении почти 300 км пересекает Сальвадор: сначала – с запада на восток, затем – с севера на юг. В нижнем течении она судоходна. По границе с Гватемалой течет река Рио-дель-Пас, а по восточной границе с Гондурасом – река Гоаскоран. Все эти и другие реки – горные и почти непригодны для судоходства, но представляют ценный источник гидроэнергии. 

Еще в середине прошлого века в Сальвадоре было довольно много лесов, и знаменитый французский географ Э. Реклю писал: «Во всем свете найдется немного стран, которые по богатству самородной флоры... могли бы соревноваться с Сальвадором». Однако хищническое использование природных богатств привело к тому, что большая часть лесов вырублена. Происходившее с конца XIX века быстрое расширение кофейных плантаций шло в значительной мере за счет уничтожения лесов.

Сейчас в стране, особенно в котловинах между главными горными хребтами и в долине реки Лемпы, довольно часто встречаются сухие саванны с разбросанными кое-где мелкими островками и в одиночку карликовыми деревцами (чапарро, мимозы и т. д.). Лишь на тихоокеанском побережье, около горных озер и по склонам отдельных гор сохранились уцелевшие еще от вырубки и извержений вулканов дубовые и сосновые леса. Наибольшей густоты леса достигают в прибрежной полосе, где ветки деревьев перевиты сетью лиан и пестреют цветами орхидей.

Низкие места на океанском побережье покрыты зарослями бамбука. А в районе между городами Ла-Либертад и Акахутла, на «Бальзамовом берегу», насчитывается несколько десятков тысяч бальзамовых деревьев. Из этих деревьев по достижении ими 25-летнего возраста добывают ароматическую смолу – так называемый перуанский бальзам, применяемый в медицине и парфюмерии.

Родиной его и единственным местом, где он добывается, является Сальвадор, а название свое он получил еще в период испанского колониального владычества в Америке, когда испанские купцы закупали его в Перу, куда он тайно привозился из Сальвадора, и только оттуда доставлялся в Испанию, а затем и в другие страны Европы.

Попытки культивировать бальзамовое дерево на Цейлоне и в других местах окончились неудачей. Сейчас сальвадорские власти требуют, чтобы экспортируемый из страны бальзам имел этикетку «Бальзам из Сальвадора», а на почтовых марках, выпущенных вскоре после Второй мировой войны, имелась надпись: «Только Сальвадор производит подлинный бальзам». 

Из других ценных пород деревьев здесь растут седрело, или так называемый испанский кедр, желтое дерево, саподилья, сок которой (чикле) используется для производства жевательной резинки, красное дерево, идущее на изготовление дорогой мебели и особого красящего вещества, а также много видов пальм, из которых наиболее распространена кокосовая, дающая целый ряд ценных продуктов. В садах множество цитрусовых и манговых деревьев, дынное дерево – папайя, а также инжир, гуаяба, бананы и т. д.