В Сальвадоре много красивых горных озер. Крупнейшие из них — Гуиха на северо-западе, на границе с Гватемалой, и Илопанго — в 16 км от столицы. Крупнейшая река страны — Лемпа начинается в Гватемале и на протяжении почти 300 км пересекает Сальвадор: сначала - с запада на восток, затем -— с севера на юг.