Национальная программа социального и медицинского страхования, финансируемая посредством вычетов из заработной платы, обеспечивает широкий спектр медицинских услуг, включая охрану материнства, компенсацию травм на производстве и пенсии по нетрудоспособности. Однако эта система доступна только служащим крупных промышленных компаний. Сельскохозяйственные рабочие и работники большинства частных предприятий не могут себе позволить воспользоваться этой программой - для таких категорий населения предусматривается специальная программа субсидирования медицинских услуг.

При визите к доктору, как и при обращении в больницу, требуется оплата наличными на месте. Большинство крупных больниц принимает в качестве оплаты кредитные карточки ведущих мировых систем, однако доктора используют только наличные. Настоятельно рекомендуется полная медицинская страховка международного образца, предусматривающая полное покрытие на случай эвакуации из страны воздушным путем.

Для большинства местных жителей семейный доктор - единственный источник медицинской помощи. Подобно священникам и учителям, доктора пользуются огромным уважением и имеют большое влияние на все аспекты жизни сальвадорского общества. Однако большинство практикующих врачей не выступает и против использования традиционных народных средств лечения, а многие из них и сами практикуют различные народные методики. Многие сальвадорцы обращаются к услугам "курандерос" - народных врачевателей, использующих индейскую традиционную медицину "брухерия", фитотерапию и различные мистические методики.