Среднемесячная температура воздуха в низменных районах и на побережьях океанов составляет около +29 С практически круглый год, в горных районах, на высотах 2000 - 3000 метров, колеблется в районе отметки от +13 С до +16 C, выше по склонам Кордильер температура достигает величины в +12 С лишь в летние месяцы (май - август), в остальное же время столбик термометра колеблется в районе отметки от +16 С до +9 С.

Осадков выпадает от 150 мм (на северо-востоке страны) до 5000 мм (Амазония) или даже 10 000 мм в год (Тихоокеанская низменность - одно из самых влажных мест на Земле), причем характер осадков в различных регионах страны заметно отличается. На западных склонах Кордильер дождь идёт практически каждый день, причем в сутки может выпадать до 70 мм дождя (для сравнения - в центральной полосе России такое количество осадков выпадает иногда за 1 - 2 месяца). 

Дожди здесь кратковременны, но сильны и многоводны. На карибском побережье дождь идет относительно редко (в среднем раз в 2 - 3 дня, минимум приходится на период с конца декабря по середину января), а сами осадки выпадают, по большей части, в виде мощных, но кратковременных ливней. В горных районах режим осадков зависит от очень многих факторов, поэтому довольно неустойчив - в некоторые годы западные склоны высокогорий получают в десятки раз больше воды, чем восточные, хотя в целом такое распределение осадков характерно для всех Кордильер.

В Боготе (находится на высоте 2600 м на уровнем моря) зимний период достаточно теплый (температура в январе составляет около +20 С, ночью может опускаться до +11 С) и сухой (выпадает не более 600 мм осадков). Летом (с марта по октябрь) относительно прохладно (+16 С) и дождливо (до 3700 мм в год, максимум в июне - июле). В конце лета в окрестных горах нередки заморозки, а в августе - ураганные ветра.

Температура воды у побережье Карибского моря составляет от +20 С до +26 С круглый год. Тихоокеанские воды прохладнее, но ненамного - средняя температура здесь составляет от +18 С до +25 С в зависимости от региона.