К крупным рекам Колумбии относятся: Амазонка, по которой проходит участок границы с Перу на крайнем юго-востоке, Ориноко, по которой проходит участок границы с Венесуэлой на востоке страны, Магдалена и её приток Каука, река Атрато, реки восточных равнин Гуавьяре, Мета и Вичада (притоки Ориноко), Путумайо и Какета (притоки Амазонки). Более 240 рек Колумбии впадает в Тихий океан, они очень полноводны, но коротки, крупнейшими среди них являются реки Патия и Сан-Хуан.
Горные реки образуют водопады, наиболее известные из которых: Бордонес, Текендама и Текендамита.
В Андах, большей частью в Восточной Кордильере, имеются остаточные ледниковые озёра, но особенно много озёр и болот на Прикарибской низменности и в долине реки Атрато.