Исполнительная власть сосредоточена в руках президента, который по конституции является главой государства и правительства. Избирается прямым голосованием сроком на 5 лет не более двух сроков. Он также является главнокомандующим армии, гарантом национального единства. 

Действующий глава государства Пьер Нкурунзиза был избран на этот пост голосованием парламента согласно переходной конституции, принятой в феврале 2005 года. 28 июня 2010 года в стране начались прямые президентские выборы, в которых Нкурунзиза остался единственным участником после выхода из предвыборной борьбы всех альтернативных кандидатов.

Президенту в выполнении полномочий ассистируют два вице-президента, один из которых координирует политическую и административную, а второй — экономическую и социальную сферы. Оба вице-президента назначаются главой государства после совещания с Национальной Ассамблеей. В формировании Совета министров играет роль этнический состав, который определяется квотами для хуту (60 %) и тутси (40 %).

Законодательная власть представлена двухпалатным парламентом, состоящим из Национальной Ассамблеи (фр. L'Assemblée Nationale) и Сената. Национальная Ассамблея состоит минимум из 100 членов, избираемых сроком на 5 лет. При её формировании учитывается этнический (60 % хуту и 40 % тутси) и половой (70 % мужчины и 30 % женщины) принципы. Национальная независимая избирательная комиссия назначает также дополнительных членов для представления интересов этнических меньшинств.

Сенат состоит из 49 членов, 34 из которых избираются непрямым голосованием на срок 5 лет, оставшиеся места распределяются между этническими меньшинствами и бывшими главами государства.

Законодательные функции парламента ограничены конституцией. Президент после совещания с конституционным судом может принять указ, имеющий силу выше закона.

На самом низком уровне мелкие споры решаются на основе обычного права судами холмов (рунди intahe yo ku mugina), которые состоят из старейшин (рунди abashingantahe) и других избираемых членов. На уровне коммун действуют магистратские суды по месту жительства (фр. Tribunal de Résidence ), а на уровне провинций — суды высокой инстанции (фр. Tribunaux de Grande Instance), решения которых могут быть обжалованы в трёх апелляционных судах, расположенных в Бужумбуре, Нгози и Гитеге.

Судом высшей инстанции по гражданским и уголовным делам является Верховный суд (фр. La Cour supreme ). В стране также действует Конституционный суд (фр. La Cour Constitutionnelle ), который рассматривает дела, связанные с толкованием конституции, а также нарушениями прав человека.

До независимости было зарегистрировано более 23 политических партий, из которых лишь две оказывали значительное влияние на жизнь страны — Национальная партия прогресса и единства (УПРОНА), основанная принцем Луи Рвагасоре, и Народная партия (НП), партия хуту. Однако, УПРОНА, контролировавшая 58 из 64 мест в Национальной Ассамблее, была подвержена внутренним конфликтам, базировавшихся в основном на национальной почве. Поэтому НП слилась в парламенте с крылом хуту партии УПРОНА, образовав так называемую группу Монровия, а крыло тутси образовала группу Касабланка.

В 1966 году президент Мичомберо запретил все партии кроме УПРОНА. 1 ноября 1979 года после смещения Мичомберо в результате переворота было объявлено о роспуске УПРОНА, однако уже в 1979 году партия вновь участвовала в государственном управлении, а по конституции 1981 года являлась единственной легальной политической организацией страны.

Президентские и парламентские выборы 1993 года привели к поражению партии УПРОНА, когда 72 % голосов завоевала партия президента Ндадайе Демократический фронт Бурунди (ФРОДЕБУ). В 1990-х годах возникли новые партии такие, как Бурундийский африканский альянс спасения (АБАСА), Объединение за демократию и экономическое и социальное развитие (РАДДЕС), Народная партия согласия. Также функционировали небольшие повстанческие организации с политическим влиянием, например, Палипехуту — Силы национального освобождения и Национальный совет защиты демократии — Силы защиты демократии.