Большинство жителей Бурунди (92,9%) исповедуют христианство.
Первыми христианскими миссионерами на территории современной Бурунди были два католических священника из миссионерского общества Белых отцов. Прибыв в страну в 1879 году они попытались запустить миссионерское служение, однако были убиты через два года. Следующая попытка установить миссионерскую станцию в Бурунди была предпринята католиками лишь в 1899 году и оказалась успешной.
В первой половине XX века на территорию Бурунди также прибывают миссионеры из протестантских церквей — адвентисты, баптисты, англикане, пятидесятники и др.
В 1960 году доля христиан в населении Бурунди составила 45%. В 2010 году численность христиан Бурунди достигла 8,879 млн. Большинство из них — это католики (5,85 млн) и пятидесятники (более 1 млн).
Большинство мусульман Бурунди являются суннитами. В стране распространены маликитская правовая школа. Проживающие в Бурунди арабы, суахилийцы и индийцы придерживаются шафиитского мазхаба. Незначительно число мусульман (преимуществено азиаты) являются шиитами-исмаилитами. В стране действует одна община мусталитов.
Большинство мусульман живут в западном Бурунди, на побережье озера Танганьика. Общая численность мусульман — 130 тыс. человек.
Доля верующих местных традиционных религий неуклонно снижается. Так, если в 1970 году они составляли 26% населения, то к 2010 году их доля снизилась до 5,5% населения (или 525 тыс. человек). По этнической принадлежности большинство из них — хуту и тва.
Живущие в Бурунди гуджаратцы исповедуют индуизм (6,8 тыс.). В столице страны есть небольшие общины буддистов и иудеев.
В 1953 году из Уганды в страну прибыла группа бахаи. В 1969 году было сформировано Национальное духовное собрание Бурунди. Согласно Всемирной христианской базе данных в 2005 году в Бурунди проживало 6,9 тыс. бахаистов.
Неверующими являются чуть более 5 тыс. жителей Бурунди.