Расходы на здравоохранение – 4,9% от ВВП. (Данные за 2001). Согласно докладу ООН о гуманитарном развитии планеты Мали в рейтинге стран находилась на 172 месте. (2001).
В 2003 насчитывалось 140 тыс. больных СПИДом и ВИЧ-инфицированных, умерли 12 тыс. чел. Темпы роста заболеваемости СПИДом – 1,9% (2003). С 1935 в стране действует исследовательский институт по борьбе с проказой.