Главные реки Мали — Сенегал, верховья которого орошают юго-запад страны, и Нигер, берущий начало в соседней Гвинее и пересекающий Мали с запада на восток на протяжении 1600 км. Верхний Нигер течет в узкой скалистой долине, изобилуя быстринами и порогами, а в среднем течении проходит через всхолмленные равнины, расширяясь до 1–2 км и образуя многочисленные рукава, озера и островки.