Провинции возглавляются губернаторами (индон. gubernur), которые, в соответствии с действующим законом о местном самоуправлении, избираются напрямую местным населением (до 2005 года избирались местными органами законодательной власти) сроком на пять лет. Должность губернатора официально имеют главы Джакарты и особого округа Джокьякарта, часто именуемые в зарубежных источниках «мэрами».

Законодательная власть в провинциях и особых округах осуществляется местными Советами народных представителей, также избираемыми населением на пятилетний срок.

Особый статус Джакарты, Джокъякарты и трех провинций — Ачех, Папуа и Западное Папуа — подразумевает наделение властей этих регионов некоторыми дополнительными полномочиями в социальной, культурной, духовной и других сферах. В Ачехе, в частности, наряду с национальным законодательством Индонезии действуют (с ограничениями) законы шариата.

Провинции, в соответствии с действующим законом о местном самоуправлении, делятся на округа — кабупатены (индон. kabupaten) и городские муниципалитеты — коты (индон. kota, до 1999 года — индон. kotamadya), не входящие в округа и равные им по статусу.

Округ управляется регентом — бупати (индон. bupati), город — мэром — валикота (индон. walikota). Полномочия регентов и мэров городских муниципалитетов идентичны, те и другие избираются местным населением сроком на пять лет. В округах и городских муниципалитетах органами законодательной власти также являются Советы народных представителей, избираемые местным населением на пятилетний срок.

Исключением является административное деление Столичного округа, который состоит из пяти административных городских муниципалитетов (индон. kota administrasi) и одного административного округа (индон. kabupaten administrasi). Эти административные единицы имеют несколько меньшую степень управления, чем обычные городские муниципалитеты и округа, их мэры и, соответственно, регент назначаются губернатором Джакарты.

По состоянию на конец 2012 года в Индонезии насчитывалось 409 округов и более 100 городских муниципалитетов, при этом сохраняется тенденция к увеличению их числа — в контексте упомянутой программы децентрализации госуправления.

Округа и городские муниципалитеты подразделяется на районы, в большей части провинций имеющие название кечаматан (индон. kecamatan), во главе каждого из которых стоит руководитель — чамат (индон. camat), назначаемый регентом округа или мэром города. В районах также действуют выборные органы законодательной власти — Советы народных представителей.

В Папуа и Западной Папуа район называется дистрик (индон. distrik), его руководитель — главой дистрика, кепала дистрик (индон. kepala distrik).

Районы подразделяются на деревни — на большей части территории деса (индон. desa), в некоторых регионах законодательно закреплены местные названия, а также на поселения — келураханы (индон. kelurahan).

 Деревни пользуются более широкой степенью самоуправления, их главы — в большинстве мест кепала деса (индон. kepala desa) — избираются местным населением, в отличие от руководителей поселений — лурахов (индон. lurah), назначаемых главами районов.