Депутатами Народного консультативного конгресса являются все депутаты Совета народных представителей, а также ещё 195 депутатов, избираемые непрямым голосованием. Депутаты Совета народных представителей избираются на 5 лет по пропорционально-списочной системе в многомандатных округах. Наибольшее число мест в парламенте принадлежат демократическим партиям и исламским. 

Главой государства и правительства является всенародно избираемый президент. 

20 сентября 2004 генерал в отставке Сусило Бамбанг Юдойоно стал первым всенародно избранным президентом Индонезии, завоевав свыше 60 % из 122 млн. проголосовавших избирателей и значительно опередив свою соперницу, действующего президента Мегавати Сукарнопутри. Ранее президент избирался Народным консультативным конгрессом. 

Сусило Бамбанг Юдхойоно — кадровый военный, сделавший карьеру в период правления президента Сухарто. Он получил образование в Индонезии и США. С 1975 года участвовал в боевых действиях против сепаратистов Восточного Тимора. В 1999 году Юдойоно ушёл в политику, возглавив Демократическую партию. На состоявшихся 8 июля 2009 выборах Юдхонойо был переизбран на второй срок. 

Правительство Индонезии ведет себя очень активно на мировой арене, особенно в исламском мире, в котором оно явно настроено стать лидером в ближайшие годы. Последние годы Индонезия стремится играть более заметную роль в решении глобальных проблем мирового сообщества, например, в разрешении конфликта между Израилем и Палестиной и других ближневосточных конфликтов. Правительство Индонезии довольно часто устраивает форумы исламских стран. С помощью таких методов она пытается расширить свое влияние на Ближнем Востоке. 

Будучи крупнейший в мире по населению мусульманской страной, Индонезия принадлежит к числу стран, которые сформировались на перекрестке различных цивилизаций и стали местом их сосуществования. Ее конфессиональная картина весьма пестра, сказывается на ней отголоски отношений мусульманского мира в целом с другими цивилизациями. А на конфессиональную и этническую неоднородность картины накладывается различия в уровне социально-экономического развития, которые нередко становятся главным источником трений. Всё это не может не усложнять решение проблемы достижения цивилизационной гармонии. 

Существенные угрозу цивилизационному равновесию в Индонезии нередко приносят импульсы, исходящие из стран традиционного ислама. Так в стране, довольно активно действует связанная с «Аль-Каидой» исламистская группировка «Джемаа Исламия». 

Проблема сосуществования и взаимодействия исламской и христианской цивилизаций приобрело особую остроту в 90-х годах. Дестабилизирующие процессы, связанные с "азиатским" кризисом в 1997-98 годах и ослаблением основ государственности результате падения режима Сухарто, оказали негативное влияние на все сферы и привело к развитию исламского радикализма. Дело дошло до межконфессиональных конфликтов. 

Совпадение по времени социальной напряженности и экспансией исламизма не случайно. Чем слабее государство и его институты, тем выше роль религиозных организаций и тем эффективней их призывы. Активизация исламского радикализма была непосредстенно связана с ослаблением жесткого контроля военно-полицейского аппарата над ситуацией и обеспечением внутренней безопасности. Резкое ослабление этого института власти в стране, терзаемой религиозными конфликтами и сепаратистическими настроениями, поставило под угрозу сохранение безопасности и целостности Индонезии. 

Имели место серии терактов в 2000, 2007, 2009 годах, религиозные столкновения в 2000-2002, восстание в Аче длившееся почти 30 лет. 

В августе 2005 в Хельсинки подписано мирное соглашение (Меморандум о взаимопонимании) между властями страны и группировкой «Свободный Ачех», которое должно положить конец 30-летней гражданской войне в провинции Ачех (Северная Суматра), в ходе неё погибли около 15 тыс. человек, большинство из которых мирные жители. 

Согласно документу, повстанцы полностью отказались от требования независимости провинции и прекратили вооружённую борьбу. Взамен Ачеху предоставлен статус «особой автономии», и правительство пообещало вывести войска из региона. Кроме того, правительство обязалось освободить всех повстанцев, находящихся в индонезийских тюрьмах, и предоставило местным властям больший контроль над природными ресурсами (природный газ, лес и кофе). 

Нет никакого сомнения, что за отмеченными событиями с их религиозными мотивами лежат более глубокие причины. И то, что представляется, на первый взгляд, лишь как противоречия, в большинстве случаев отражает социальные, политические и экономические различия. Практически всегда за религиозными лозунгами стоит политический или экономический интерес.