В районах с горным ландшафтом реки представляют собой потенциальный источник электроэнергии. Но обильные дожди и постоянное полноводье рек несёт в себе немалую опасность, выраженную в достаточно частых наводнениях. В реках присутствует большое количество илистого материала, который очень сильно затрудняет навигацию и постоянно отлагается в прибрежных территориях.
Самой большой ракой Индонезии считается река Капус, имеющая в народе и другое название, которое звучит как Капус Бесар. Эта река располагается на острове Калимантан. Её протяжённость составляет около 1050 километров, а общая площадь 97 тысяч квадратных километров. Все другие реки Индонезии существенно отличаются по размерам от Капуас.
Например, в Восточном Калимантане расположена река Махакам, длина которой равна 715 километров, в Южном Калимантане располагается Мартапура и Барито общей протяжённостью не более 650 километров. Большинство рек Индонезии берёт своё начало в центральном горном массиве. Далее они протекают вдоль равнин, расположенных неподалёку от побережья, дальше их путь пролегает через болотистые местности.
Русла всех рек очень часто меняются. Вдоль течения многих рек образовалось достаточно много поселений. Так же почти все реки Индонезии служат в качестве важных транспортных артерий. В индонезийской части острова Новая Гвинея располагается около 30 довольно крупных рек.
Практически все они стекают с гор Маоке на север в Тихий океан, как, например, река Мамберано (средней протяжённостью 500 километров). Многие из рек стекают также в Арафурское море. Почти все реки Новой Гвинеи являются судоходными в нижних течениях. Одной из самых значительных рек является река Дигул, общей протяжённостью около 400 километров.
Она берёт своё начало в горах Джаявиджая и постепенно стекает в Арафурское море. Основная масса рек, расположенных в Сулавеси, в основном достаточно короткие и, обычно, имеют очень бурное течение. Так же нельзя обойти вниманием огромное количество озёр, расположенных в Индонезии.
Большинство из них обладает огромнейшим изобилием рыб. Многие озёра имеют вулканическое или тектоническое происхождение. Самым крупным из них является озеро Тоба, которое располагается в кратере-кальдере на Батакском плоскогорье, лежащим в на севере Суматры. Площадь этого озера достаточно велика и достигает 1150 квадратных километров.