Начиная с 6 или 7-летнего возраста дети начинают проходить 6-годичный курс обучения в начальной школе (Sekolah Dasar, SD), затем в течение 3-х лет обучаются в средней школе первой ступени/неполной средней школе (Sekolah Menengah Pertama, SMP).

По завершении трехгодичного курса средней школы первой ступени в рамках обязательной девятилетней программы обучения, учащиеся сдают национальный экзамен, и в случае успешной сдачи получают сертификат о начальном (базовом) среднем образовании.

 А по результатам академического и психологического тестирования выпускники девятилетки (неполной средней школы) могут получить возможность продолжения учебы и получения законченного среднего образования в средней школе верхней ступени/старшей школе (Sekolah Menengah Atas, SMA) или в средней профессиональной школе (Sekolah Menengah Kejuruan, SMK), где они могут приобрести специальные навыки и получить базовое техническое образование.

 Так же как и в неполной средней школе курс обучения в старшей школе рассчитан на три года.

Аналогичные по срокам обучения ступени школьного образования предусмотрены для учащихся, намеренных получить исламское образование в соответствующих медресе.

Неуклонно растет процент населения, достигшего школьного возраста и посещающего учебные заведения. В 2009 году в начальной школе проходило обучение около 98% всех индонезийцев в возрасте от 7 до 12 лет. 

Процент посещаемости в неполной средней школе для возрастной группы от 13 до 15 лет составил 85%. Однако продолжить обучение в старшей школе смогли лишь 55% потенциальных учащихся в возрасте от 16 до 18 лет. Тем не менее, следует отметить, что за последние пятнадцать лет этот показатель вырос почти на 10%.

В Индонезии насчитывается порядка 6 800 средних профессиональных учебных заведений, большинство из которых за последние годы заметно преобразились, из некогда своего рода отстойников для бесперспективных учащихся, отсеянных системой среднего и высшего образования, в учебные заведения, которые ориентированы на подготовку высокопрофессиональных и высококвалифицированных кадров для развивающейся устойчивыми темпами экономики страны.

Система высшего образования (Perguruan Tinggi) представлена более чем 1 600 высшими учебными заведениями (государственными и частными) – академиями / akademi (ВУЗами, обеспечивающими обучение прикладным наукам в одной узкоспециализированной отрасли профессиональных знаний), институтами / institut (с несколькими факультетами, обеспечивающими академическое или профессиональное образование по смежным областям профессиональных знаний), политехническими институтами / politeknik или institut teknologi (предоставляющими профессиональное образование по нескольким специальным отраслям знаний), высшими школами / sekolah tinggi (так в Индонезии называются высшие учебные заведения, предоставляющее академическое или профессиональное образование в рамках одной дисциплины в области науки, технологии или искусства) и университетами / universitas (высшими учебными заведениями с несколькими факультетами, обеспечивающими образование в нескольких различных дисциплинах, отраслях знаний и искусства).

К числу крупнейших и наиболее престижных университетов страны относится Университет Индонезии (УИ) в Джакарте, основанный официально как Universiteit Indonesia (в дальнейшем переименованный в Universitas Indonesia) в феврале 1950 года.

Исторические корни УИ уходят в середину 19-го века, в эпоху колониального господства, когда голландская администрация создала в 1851 году школу для подготовки медработников с сертификатом о базовом медицинском образовании, которая впоследствии, в процессе эволюции и многочисленных трансформаций, была постепенно преобразована сначала в Институт высшего образования Республики Индонезии с тремя факультетами, затем во временный университет, и, наконец, в полноценный государственный университет.

Еще один старейший ВУЗ страны - Университет Гаджах Мада (Universitas Gadjah Mada) в Джокьякарте был основан в первые годы независимости - в декабре 1949 года.

Специалисты – выпускники вузов в зависимости от сроков обучения и уровня подготовки получают академические степени бакалавров (Sarjana), магистров (Magister), докторов (Doktor) или специалистов (Spesialis).

Система светского начального, среднего и высшего образования в Индонезии входит в сферу ответственности Министерства образования и культуры (Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan), религиозного (в исламских школах медресе) – координируется Министерством по делам религий (Kementerian Agama). В стране также имеется обширная сеть частных высших и средних учебных заведений. Кроме того, предусмотрено дошкольное обучение (ясли, детские сады), имеющее целью подготовить детей к школе.

На образование выделяется около 3,7% государственных ассигнований из бюджета.