В стране прочно обосновались баптистская, епископальная, лютеранская, пресвитерианская церкви, а также мормоны, однако наибольшим влиянием пользуются евангелические группы протестантских фундаменталистов, руководители которых большей частью принадлежат к индейцам или ладино.

Общая численность протестантов составляет ок. 30% населения страны. Большинство их относится к беднейшим слоям, однако постепенно протестанты появляются и в средних и высших классах; протестантами были два президента – Эфраин Риос Монтт и Хорхе Серрано.

Евангелисты большей частью стараются держаться в стороне от политики или поддерживают консервативные политические группы. Католические миссионеры также весьма активны; многие из них придерживаются прогрессивных взглядов, разделяя принципы так называемой «теологии освобождения». В индейских общинах до сих пор сильны древние религиозные верования, часто сочетающиеся с христианством.