Развита речная сеть. Крупные реки о-ва Сан-Томе – Агуа-Гранде и Ио-Гранде, о-ва Принсипи – Агульяш, Банзу и Папагайу. Реки быстрые и порожистые. Население обеспечено пресной питьевой водой.
Столицей Демократической Республики Сан-Томе и Принсипи является город Сан-Томе, расположенный на одноимённом острове.
Сантомийцы живут главным образом на побережье и невдалеке от него. Плотность населения в среднем по стране — свыше 70 человек на 1 кв. км. Небольшие поселки похожи друг на друга: в центре находятся самые крупные здания — это, как правило, муниципалитет, католическая церковь; кроме того, есть одна-две лавки, несколько особняков европейцев, несколько каменных жилищ африканцев; остальное — это хижины, выстроенные из дерева и пальмовых веток. По сравнению с такими поселками столица республики город Сан-Томе — большой город.