Развита речная сеть. Крупные реки о-ва Сан-Томе – Агуа-Гранде и Ио-Гранде, о-ва Принсипи – Агульяш, Банзу и Папагайу. Реки быстрые и порожистые. Население обеспечено пресной питьевой водой.